Poplave močno vplivajo na življenje v mestu predvsem v zimskih mesecih. V obdobju med novembrom in februarjem se ta pojav pogosteje ponavlja, vendar ker se to dogaja večinoma za 1 do 2 uri dnevno, to za obiskovalce ne predstavlja nobene ovire... vendar prav naprotno - velja si to ogledati in doživeti.

Mesto je zgrajeno na lesenih pilotih, katere so Benečani pripejali iz Slovenije (Krasa), Hrvaške (Lika ter Gorski Kotar) in deloma celo iz Rusije. Po neki oceni so sužnji posekali več kot 13 miljonov dreves na tem področju samo, da bi zgradili eno samo mesto - Benetke.

Večina lesenih stebrov je še danes nedotaknjenih, saj so Benečani uporabljali zelo dobro tehniko pri izgradnji otokov: na mestu, kjer so načrtovali izgradnjo otoka so sprva postavili ZUNJANJE zidove iz istrskega marmorja (katerega so dobili iz Črnega kala (SLO) ter okolice Pazina (HR)). Ko je so bile zunanje stene postavljene, so "bazen" izsušili. Kot temelje so v pesek zabili lesene stebre, oblikovane v svinčnike (dolge cca 4 -5 m) vs, dokler se niso naslonili na trdo glino. Stebre so namazali s katranom in vmes vlili pesek. S to tehniko so preprečili kontakt med lesom in vodo, soljo in zrakom.

Ko so beneški arhitekti ugotovili, da je tehnika gradnje dobra in da je edina pomanjkljivost v mestu močan tok vode, so vsa ustja rek preusmerili mimo lagune. S tem so rešili ugrezanje mesta, vendar je nastala škoda ostala nepopravljiva.

V 20. stoletju, ob hitrem razvoju beneške industrijske luke, so Benetke doživele podoben pojav. Kopanje artezijskih vodnjakov je zopet načelo sesedanje mesta. Zakonsko so to dejavnost prepovedali leta 1960. Po tem se je pojav "aqua alta" samo še potencirala.

Danes se Benetke NE ugrezajo več, vendar obstaja drug problem. Cel svet proizvaja velike količine CO2, kar posledično uničuje ozon. Tanjšanje ozona viša zračne temperature, kar povzroža taljenje ledu na severnem in južnem polu. Ne glede na to, da se Benetke več ne ugrezajo, je nivo vode iz leta v leto višji in sorazmerno je mesto vse nižje in nižje.

Strokovnjaki so do danes predlagali 2 rešitvi:

- vračanje vode, katero so z artezijskimi vodnjaki izčrpali izpod mesta - ta rešitev bi bila draga, vendar večna. Mesto bi dvignili na svoj nivo iz začetka 20. stoletja. Ker je pa to zelo dolgotrajen proces, so kot začasno zašasno rešitev začeli z izgradnjo projekta:

- MOSE (it. Modulo Sperimentale Elettromeccanico = slo. Poskusni elektromehanični modul), sestavljen iz 79 premičnih sten, katere bi ležale na dnu vsakega vhoda v laguno. Ob nevarnosti poplave bi se napolnile z zrakom, dvignile in zaprle dovod vode v laguno. Maja 2003 je takratni predsednik vlade, Silvio Berlusconi, dal projektu finačno podporo, katero je pa leta 2006 ustavil njegov naslednik, Romano Prodi, zaradi nepreglednih finančnih transakcij. Ko so odpravili finančne posledice, je projekt znova zaživel in gradnja poteka. Dela so vidna vsem, ki se odpravijo v mesto z ladjo (vhod ob otoku Lido).